De momento lo mejor que podrías hacer sería mirar si existe algún código de avería memorizado en la centralita, ya que si suena ronco quiere decir que o bien el gasoil está entrando antes de tiempo, o bien la pulverización no es buena.
En el caso de los sistemas Common Rail es muy difícil que la pulverización sea mala por la presión a la que trabajan (incluso volteando durante el arranque pulverizan muy bien).
Así que puede ser que el sensor de fase del árbol de levas esté mal, o que la correa de distribución se halla destensado, o si la has cambiado puede que esté excesivamente tensada.
También puede tener mucho que ver las sondas de temperatura de motor y de gasoil, ya que con esa información la centralita avanza y dosifica la cantidad exacta de gasoil por ciclo.
Por eso pienso que lo primero es meter la diagnosis y comprobar los valores reales con los que está trabajando la centralita y si existen o no códigos de avería memorizados.
Un saludo.