Hola, te adjunto una imágen básica de como es el sistrema de cargas, marcado en círculo están los diodos que impiden que la corriente fluya desde la batería a los bobinados del alternador.
Puede ser que la quemada se produzca por un mal funcionamiento de éstos diodos, lo mejor que te puede pasar es que falle uno y quede en circuito abierto, en tanto si la falla es en cortocircuito se puede dar que la corriente cambie de sentido y balla de la bat. al bovinado de tu alternador.
Te propongo realizar un testeo los tres cables que entran al regulador, sin el alternador conectado y preferentemente con la bat desconectada. Con el polimetro (tester para mi) en diodo o continuidad prueba entre los tres cables, debe dar circuito abierto de todas las maneras posibles de prueba ya que siempre hay un diodo en inversa, lo mismo entre los tres cables y masa o 12v, debe dar siempre abierto.
Ojo que esta prueba es para el diagrama de la figura que adjunto, si tienes el diagrama interno de tu regulador te pido que lo compartas y lo analizamos.
Saludos.
imageshack.us/photo/my-images/263/basico1g.png/
P.D:espero que se vea, yo tengo una FZ6.