hola , estamos ablando de un vehiculo diesel , si estas seguro que los inyectores pulverizan bien. y el sincronizado de distribucion esta correcto, se me ocurre que puede no estar funcionando debidamente el sensor de temperatura.
el vehiculo se guia en el sensor de tenperatura para saber si esta frio inyectar mas o menos y si esta caliente rectificar mezcla. tambien estaria el sensor de posicion de arblo de levas o de cigüeñal que si no va bien te puede estar diciendo que inyecte tarde o antes de tiempo y cuando el vehiculo se calienta redondea.
para comprobar el de temperatura normalmente mides resistencia con el cable quitado a mas temperatura mas resistencia. busca en google la tabla de ese sensor y te pondra equivalencia omios temperatura. ya nos dices algo.