No hay excusa para no subir manuales a la página

Saludos, quisiera poder ayudar a los demas foristas con respecto a los manuales, ya que poseo varios, pero no entiendo como enviarlos.
El problema es el siguiente:
Casi todos los manuales estan en PDF, y como podran saber la pagina me pide un archivo para enviar, pero estos manuales se dividen como en 20 carpetas diferentes y estas a su vez en muchas subcarpetas mas y a si sucesivamente.
Mi pregunta es sencilla, como les envio estos tipos de manuales; carpeta por carpeta o hay otra forma de enviarselos todo como una carpeta?