Por ahí tengo información muy buena al respecto, yo también cambie una ECU y no podía echar a andar una Cherokee Limited, pero esa era 8 cilindros, que modelo es la tuya???
Pero para empezar, revisa el fusible "numero 12 de 10 AMPERES" dentro del compartimiento del tablero, no en el compartimiento del motor, "ojo" el fusible 12 no viene marcado en la tapa (osease que no trae inscrito para que sirve) Pero este es un fusible de alimentación (no recuerdo si es a un revelador o directo a la ECU), para acceder a el, deberás quitar un par de fusibles de 10 AMP que vienen incrustados con una especie de seguro AMARILLO. ME EXPLICO????
Ese fusible se quema y por mas que des marcha la troca nunca encenderá, y por mas ECU's que instales jamas encenderá, por ahí tengo un diagrama que puedo facilitarte, pero pa empezar revisa ese fusible y comenta.